Είκοσι έξι χρόνια μετά την κατάκτηση του πρωταθλήματος στην Κ16, τη σεζόν 1997-1998, ο Παναθηναϊκός στέφθηκε και πάλι πρωταθλητής στην εν λόγω κατηγορία. Επικράτησε με 2-1 νίκες του Ερμή Ζωγράφου, σε μία εξαιρετική σειρά τελικών αγώνων, με το τρίτο παιχνίδι να κρίνεται στις λεπτομέρειες, αφού χρειάστηκε παράταση, όπου οι “πράσινοι” νίκησαν με 5-3 (3-3 στην κανονική διάρκεια).
Την τρίτη θέση στην κατηγορία κατέλαβε το Νέο Ικόνιο, το οποίο έκανε το 2-1 στις νίκες απέναντι στον Ατρόμητο Αθηνών, επικρατώντας με 6-5 στην παράταση στο τρίτο ματς. Ακολουθεί η λίστα των πρωταθλητών στην Κ16:
| 1997 – 1998 | ΠΑΝΑΘΗΝΑΪΚΟΣ ΑΟ | 2011 – 2012 | ΑΘΗΝΑ ’90 ΣΦΑ |
| 1998 – 1999 | ΑΣΕ ΔΟΥΚΑ | 2012 – 2013 | ΗΝΙΟΧΟΣ ΠΟΑΣΑ |
| 1999 – 2000 | ΧΑΛΚΙΝΕΟΣ ΧΑΛΚΙΔΑΣ | 2013 – 2014 | ΗΝΙΟΧΟΣ ΠΟΑΣΑ |
| 2000 – 2001 | ΖΑΚΥΝΘΟΣ | 2014 – 2015 | ΗΝΙΟΧΟΣ ΠΟΑΣΑ |
| 2001 – 2002 | ΟΦ ΕΡΜΗΣ ΚΟΡΥΔΑΛΛΟΥ | 2015 – 2016 | ΗΝΙΟΧΟΣ ΠΟΑΣΑ |
| 2002 – 2003 | ΑΘΗΝΑ ’90 ΣΦΑ | 2016 – 2017 | ΕΡΜΗΣ ΖΩΓΡΑΦΟΥ |
| 2003 – 2004 | ΕΛΠΙΔΑ ΤΡΙΠΟΛΗΣ | 2017 – 2018 | ΠΑΟ/ΑΘΗΝΑ ’90 ΣΑΛΑΣ |
| 2004 – 2005 | ΔΕΝ ΟΛΟΚΛΗΡΩΘΗΚΕ | 2018 – 2019 | ΑΣΕ ΔΟΥΚΑ |
| 2005 – 2006 | ΑΘΗΝΑ ’90 ΣΦΑ | 2019 – 2020 | ΑΣΕ ΔΟΥΚΑ |
| 2006 – 2007 | ΑΘΗΝΑ ’90 ΣΦΑ | 2020 – 2021 | ΕΡΜΗΣ ΖΩΓΡΑΦΟΥ |
| 2007 – 2008 | ΑΡΗΣ ΒΥΡΩΝΑ | 2021 – 2022 | ΝΕΟ ΙΚΟΝΙΟ ΑΟ ΣΑΛΑΣ |
| 2008 – 2009 | ΗΝΙΟΧΟΣ ΠΟΑΣΠ | 2022 – 2023 | ΕΡΜΗΣ ΖΩΓΡΑΦΟΥ |
| 2009 – 2010 | ΗΝΙΟΧΟΣ ΠΟΑΣΠ | 2023 – 2024 | ΠΑΝΑΘΗΝΑΪΚΟΣ ΑΟ |
| 2010 – 2011 | ΑΘΗΝΑ ’90 ΣΦΑ |
